Een belangrijk verschil tussen PGO’s en patiëntenportalen is dat in een PGO gezondheidsgegevens van verschillende zorgaanbieders verzameld kunnen worden. Denk hierbij aan gegevens van zowel het ziekenhuis en de huisarts als de verloskundige en de apotheek. Een portaal is een informatiesysteem dat door één specifieke zorgaanbieder wordt gebruikt. Hiermee hebben zorggebruikers dus alleen inzage in de gegevens van die zorgaanbieder. Naast het verzamelen van gegevens kunnen zorggebruikers in hun PGO ook zelf gegevens toevoegen. Denk daarbij aan eigen meetgegevens, maar ook aan correspondentie met een arts of informatie uit een dagboekje. In een portaal staan alleen gegevens die de zorgverlener beheert. Een ander verschil is de keuzevrijheid. Zorggebruikers kunnen zelf een PGO kiezen. Bij een portaal is die keuzevrijheid er niet. Tot slot: met een PGO kunnen, als zorggebruikers daar toestemming voor geven, de verzamelde of toegevoegde gegevens ook delen met andere zorgverleners. Op die manier krijgen zorgverleners een completer beeld van hun patiënt. Via een portaal is die mogelijkheid om te delen er niet.