Stichting MedMij kan onafhankelijk besluiten of een partij mag toetreden, deelnemersovereenkomsten afsluiten en optreden als een deelnemer zich niet aan de afspraken houdt. Ook bepaalt Stichting MedMij de strategische koers, samen met de Eigenaarsraad. In de Eigenaarsraad zitten vertegenwoordigers van patiënten (zoals Patiëntenfederatie Nederland) en zorgaanbieders. De verhouding tussen zorgaanbieders en zorggebruikers is altijd gelijk. De Eigenaarsraad is vergelijkbaar met de ledenraad van een vereniging. Partijen met het MedMij-label hebben recht op een plek in de Deelnemersraad. Zij hebben een adviserende rol. VZVZ Servicecentrum en Nictiz beheren en doorontwikkelen het afsprakenstelsel en de informatiestandaarden in opdracht van Stichting MedMij. Ook spelen VZVZ Servicecentrum en Nictiz een belangrijke rol bij het kwalificatie- en acceptatietraject dat partijen moeten doorlopen om deelnemer te kunnen worden. De kwalificatie doorloop je bij Nictiz, de acceptatie gebeurt bij VZVZ Servicecentrum. Het uiteindelijke besluit om het MedMij-label toe te kennen ligt bij het bestuur van Stichting MedMij.