Stichting MedMij kan onafhankelijk besluiten wie tot MedMij mag toetreden, deelnemersovereenkomsten afsluiten en optreden als een MedMij-deelnemer zich niet aan de afspraken houdt. Stichting MedMij bepaalt de strategische koers samen met de Eigenaarsraad. In de Eigenaarsraad zitten vertegenwoordigers van patiënten (zoals Patiëntenfederatie Nederland) en zorgaanbieders. De verhouding tussen zorgaanbieders en zorggebruikers is altijd gelijk. De Eigenaarsraad is vergelijkbaar met de ledenraad van een vereniging. Partijen met het MedMij-label hebben recht op een plek in de Deelnemersraad. Zij hebben een adviserende rol. VZVZ Servicecentrum en Nictiz beheren en doorontwikkelen het afsprakenstelsel en de informatiestandaarden in opdracht van Stichting MedMij. Ook spelen VZVZ Servicecentrum en Nictiz een belangrijke rol bij validatieproces (kwalificatie en acceptatie) dat ICT-leveranciers moeten doorlopen om deelnemer te kunnen worden. De kwalificatie doorlopen leveranciers bij Nictiz, de acceptatie gebeurt bij VZVZ Servicecentrum. Het bestuur van Stichting MedMij besluit over het al dan niet toekennen van het MedMij-label.